segunda temporada

La segunda temporada, en contraste con la primera, es más enfocada, aunque una porción decente de los episodios es relleno. La animación es más realista y detallada, y las personalidades de Jim y de Sissi han cambiado perceptiblemente, aunque algunos rastros de sus viejas personalidades existen en una cierta forma. Aelita comienza a tener visiones de una vida que ella supuestamente nunca vivió, y demuestran un hombre nombrado Franz Hopper para tener conexiones a Lyoko. Un quinto sector se descubre en Lyoko, y resulta ser el sector donde habita Xana, del cual todos sus datos pueden ser alcanzados. Al mismo tiempo, Xana comienza a enviar un monstruo llamado Scyphozoa para robar las memorias de Aelita. Finalmente, se revela el propósito verdadero de Xana, al igual que los orígenes de la super computadora, de Lyoko, y de Aelita misma.